Sau khi nắm được quyền hành, ông trọng dụng Trĩnh Chủng, phong làm Đại tướng quân nắm giữ binh quyền. Hán Hòa Đế bắt đầu trừ đi những phe phái đã theo phe họ Đậu, đặc biệt là nhà sử gia Ban Cố (班固), người có quan hệ mật thiết với Đậu Hiến, và Hòa Đế đã ra lệnh bắt giam ông.

Về cơ bản, Hán Hòa đế duy trì chính sách của các vua đời trước, do đó tình hình trong nước tương đối yên ổn, kinh tế phát triển tốt. Sử sách gọi thời kỳ này là Vĩnh Nguyên chi trị (永元之治). Tuy nhiên, thời kỳ này cũng bắt đầu trường hợp tham quan hối lộ mà không có biện pháp nào triệt để. Hán Hòa Đế không được giỏi giang như vua cha Hán Chương Đế hoặc ông nội Hán Minh Đế, tính tình lại quá thụ động.

Đối phó người Khương

Vấn đề người Khương nổi dậy là vấn đề cấp quốc gia của nhà Đông Hán, đặc biệt dưới thời Hán Hòa Đế cai trị, dù đã nhen nhuốm dươi thời Hán Chương Đế.

Năm 92, đại thần chuyên đánh dẹp người Khương là Đặng Huấn (鄧訓) qua đời. Người Khương căn bản đã được yên đối đãi của Đặng Huấn, nhưng từ khi ông chết và Nhiếp Thượng (聶尚) tiếp nhận vấn đề người Khương, với cách giải quyết đầy bạo lực mất lòng người Khương lại trỗi dậy làm loạn.

Năm 93, Quán Hữu (貫友) được giao cho bình định người Khương và đã đánh bại được họ, nhưng thủ lĩnh của họ là Mễ Đường (迷唐) trốn thoát và tiếp tục đe dọa biên giới nhà Hán đến tận năm 100 thì dần dần giảm bớt.

Hậu cung

Năm 96, Hán Hòa Đế lập Âm quý nhân, thuộc dòng dõi họ Âm Nam Dương làm Hoàng hậu, trong thời gian đó, ông bắt đầu sủng ái Quý nhân Đặng Tuy (鄧綏), con gái của Đặng Huấn, cũng là dòng dõi Nam Dương danh giá. Âm hoàng hậu đố kỵ và tìm cách hãm hại, đến năm 102 thì bị phế truất, Đặng Tuy được phong làm Hoàng hậu.

Đặng hoàng hậu là người uyên bác lễ độ, lại khiêm nhường, bà từ chối việc phong quan tước cho các anh mình nên vấn đề ngoại thích từ phía nhà Hoàng hậu không xảy ra ở thời Hán Hòa Đế. Đặng hoàng hậu lại giỏi việc chính trị, giúp Hán Hòa Đế rất nhiều trong việc cai trị.

Năm 103, ông theo Đặng hoàng hậu ra chiếu chỉ cấm chỉ tiến cống, nhờ đó giảm nhẹ cho nhân dân và quan lại các nơi các khoản đóng góp nặng nề và tốn kém, trong đó có cả việc bỏ lệ mang vải tươi, nhãn tươi từ miền Lĩnh Nam dâng lên vua trong dịp tế lễ[3].